Do sądowego sporu na tle podatkowym doszło między fiskusem, a spółką produkującą węgiel koksowy i koks. W związku z prowadzoną przez siebie działalnością firma była zobligowana do wnoszenia do skarbu państwa wielu opłat, w tym: podatków od nieruchomości, czynności cywilnoprawnych (PCC), VAT, CIT i PIT oraz opłaty eksploatacyjnej (należnej w myśl prawa geologicznego i górniczego). W trakcie funkcjonowania spółki zdarzyło się, że zapłaciła ona wyższy niż należny podatek od nieruchomości. W konsekwencji dokonanej nadpłaty, kierując się art. 76 § 1 Ordynacji podatkowej przedsiębiorstwo chciało, by owa kwota została zaliczona przez fiskus na poczet innych należności finansowych, do których była ona zobowiązana. Przepis ten brzmi: „Nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę określonych w decyzji, o której mowa w art. 53a, oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych, z zastrzeżeniem § 2”. Zdaniem przedsiębiorstwa zastosowanie rozwiązania przytoczonego w przepisie było uzasadnione. Przede wszystkim doszło bowiem do nadpłaty. Ponadto mogło dojść do sytuacji, w której w spółce zaistniałyby zaległości podatkowe wraz z odsetkami, w stosunku do bieżącego zobowiązania lub potencjalnie powstałego w przyszłości. Według interpretacji spółki przepis, na który się ona powoływała nie wskazywał, że nadpłata ma być przekazana na poczet danych zobowiązań podatkowych stanowiących dochód konkretnego podmiotu publicznego (tj. Skarbu Państwa lub jednostki samorządowej). Ponieważ jednak prawo nie obliguje lokalnych władz podatkowych (wójta, burmistrza lub prezydenta miasta) do sprawdzenia, czy dany podatnik (tu – spółka) posiada inne zobowiązania podatkowe, które powinny być wniesione do innych podmiotów, przedsiębiorstwo postanowiło przedstawić stosowne wyjaśnienia, pozwalające na dalsze przekierowanie powstałej nadpłaty.
Fiskus nie zgodził się w pełni z interpretacją spółki. Zdaniem Izby Skarbowej w Katowicach zaistniała nadpłata mogła być zaliczona wyłącznie na potrzeby płatności związanych z PCC oraz opłatą eksploatacyjną. Wydając interpretację zawierającą powyższy wniosek (IBPBI/1/423-61/14/KB) fiskus tłumaczył, że gdyby dopuścić możliwość przekazywania nadpłat z tytułu podatku od nieruchomości na cele związane z VAT, CIT i PIT, konieczne byłoby dokonywanie rozliczeń pomiędzy różnymi jednostkami podatkowymi – w tym przypadku między samorządem terytorialnym, a urzędami skarbowymi. Zdaniem organu, nie ma do tego podstawy prawnej, a tym samym stanowiska przedsiębiorstwa w sprawie przekierowania zaistniałej nadwyżki nie można uznać za uzasadnione i prawidłowe. Według fiskusa w omawianym przypadku nadpłata mogła być zaliczona tylko na poczet płatności stanowiących – tak jak podatek od nieruchomości – dochód gminy.
Powyższe stanowisko wzbudza szereg kontrowersji. Zdaniem specjalistów nie ma podstawy prawnej, która pozwalałaby na taką interpretację. W przywołanym przepisie nie ma bowiem mowy o limitowaniu reguł rozliczania zaistniałych nadpłat tylko w stosunku do tych podatków, których odbiorcą jest ten sam podmiot. Prawdopodobnie jednak w takim kształtowaniu interpretacji fiskus kierował się względami praktycznymi. Zarówno samorząd terytorialny, jak i urzędy skarbowe nie posiadają wzajemnych informacji o stanie zobowiązań danego podatnika względem tych organów. To uniemożliwia im praktycznie dokonywania rozliczeń z tytułu różnych podatków. Na praktyczne komplikacje wynikające z przywołanego wyżej przepisu wskazywał również NSA. W wyroku z 20.1.2012 r. (I FSK 577/11) orzekł on odnośnie art. 76 § 1 Ordynacji podatkowej, że „nakłada na organy obowiązek zaliczenia znanej mu nadpłaty na znaną mu zaległość, nie nakłada natomiast obowiązku poszukiwania innych istniejących zaległości”. W tym samym orzeczeniu sąd zauważał jednak, że jeśli podatnik poinformuje sam organ podatkowy o chęci zaliczenia dokonanej w nim nadpłaty na poczet daniny należnej innemu organowi i poinformuje o wysokości danej należności, spełni tym samym wszystkie warunki niezbędne do dokonania takiego przekierowania płatności.
